Formas de pago y otros

Hola, tengo una consulta, que me vuelve loco.

Aunque he desarrollado apps para móviles, para pc ...

Estoy con una algo más complicado a nivel de pagos.
Ejemplo
A= Mi cliente(Proveedor de bebidas)
B= Mi app(intermediaria) Empresa Ficticia SL
C= Cliente Final

Mi intención es aplicar una comisión por venta realizara mediante la app.
¿Como hariaís?
1) Os encargais de hacer la operación total con C y luego el cliente A hace una factura a B menos la comisión por gestión y venta.

2) Dais la opción a A para agregar su cuenta paypal y su cuenta bancaria en el sistema, para que C pague directamente y luego B hace la factura a A con liquidación de comisiónes.

Me podeis ayudaR?
Grácias.