Mi codigo Javascript no se ejecuta en segundo plano y se descontrola.

Buenos dias a todos, quisiera saber por que razon mi codigo Javascript no se ejecuta en segundo plano.

Entorno de desarrollo:
Intel XDK Framework

Lenguajes Usados:
HTML5
CSS3
Javascript
jQuery

Descripcion de la aplicacion:

Cronometro que toma el tiempo en conteo hacia arriba y va sumando el gasto de cada minuto segun el valor colocado en un input.