Buenas Jorge,
Entiendo que para los no iniciados esto puede ser algo confuso pero tal y como te dice Christian G. si lo que haces es un hardreset, no. No se modifican las particiones /system, /Recovery, /boot, /bootloader. Únicamente elimina todo lo que has instalado y todos los datos que has añadido tras su instalación original, básicamente la partición /userdata. ¡OjO! Tampoco modifica ninguno de los cambios que hayas realizado en la partición /system tras la instalación original como por ejemplo algunos métodos Root, Xposed, reconstrucción de build.prop, etc...
Si tienes un Recovery modificado como TWRP o CWM incluso el recovery stock en la mayoría de los casos incluyen la opción Wipe Factory Reset. Es más recomendable incluso que la opción que tienes en el menú de Ajustes>Seguridad. Ya que si tu terminal esta rooteado y has instalado muchas Apps de modificación como XPosed o las App de los propios recoverys etc... Puede que hayan modificado este último.
Mi recomendación es un flasheo completo de la última versión de la ROM que mas te guste, inicialmente puedes mantener la partición /userdata pero si tienes el mas mínimo problema, reinicio o extraño. Formateala sin ninguna duda.
*P.D. Jorge, he unido tus 2 comentarios ya que un doble posteo no es la formula más adecuada de conseguir una respuesta más rápida. 
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