No hay de que Jose en si no es que tengas que instalar un sistema en determinada unidad por ejemplo en la unidad d:, solo Windows usa letras para definir sus unidades, lo mejor es darles nombres a las unidades así no confundes la partición del windows y la formateas por error, por ejemplo en la partición donde esta instalado el Windows puedes llamarla "Windows" C: y para la partición del Android puedes darle el nombre del Android o la versión que estés instalando por ejemplo "Kitkat" D: o "Kitkat" W:, en donde "Kitkat" seria el nombre que le darías a esa partición y la letra de unidad la que sea que tu elijas para asignarle.
La verdad tengo mucho que no pruebo el Android x86 y no recuerdo como venia el menú de instalación pero si es como en otros linux puedes dejar las particiones sin formato y desde el mismo programa de instalación del Android x86 puedes escoger que se instale en el espacio sin partición y que cree las particiones necesarias de forma automática.
De cualquier manera deja le doy una revisada al instalador del Android x86 y te digo los pasos a seguir
Si estas en Windows Vista/ Windows 7 / Windows 8 puedes editar, crear y eliminar particiones desde el "administrador de discos":
1- Clic derecho en "Equipo".
2- En el menú emergente da clic en "Administrar".
3- Se abrirá la ventana del "administrador de equipos", allí da clic en " administrador de discos".
4- te aparecerán todos los discos duros y memorias que tengas conectados en tu pc y todas las particiones que tenga cada disco.
— modificado el 18 sept. 2014 20:40:10